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IdEvol : une méthode d’identification variétale des plants de pommes de terre plus flexible et plus sécurisée
Contexte / Enjeux
La pomme de terre fait partie des rares productions végétales pour lesquelles la législation impose d’indiquer le nom de la variété, même pour la vente au détail, car chaque variété possède des caractéristiques propres à un usage donné. L’identification variétale des plants de pommes de terre est donc une étape indispensable pour la filière.
Via le projet IdEvol porté par Inov3PT, la technique d’identification variétale s’est modernisée afin de gagner en flexibilité, rapidité et de limiter l’usage de produits chimiques toxiques.
Le processus de la certification officielle des plants de pommes de terre permet d’assurer la qualité sanitaire et la conformité variétale des plants. « Il faut en effet s’assurer de l’identité des variétés mises en production. Or, visuellement, il n’est pas toujours facile de différencier le feuillage ou des tubercules de variétés différentes. D’où la nécessité de réaliser des tests en laboratoire à partir de l’ADN », résume Marion Flodrops, responsable du laboratoire de Bretagne Plants. Outre la certification des plants de pomme de terre, l’identification variétale est également un outil utilisé pour lutter contre la fraude, protéger les droits des obtenteurs et assurer la gestion des ressources génétiques
Ces tests sont réalisés en routine depuis une vingtaine d’année, mais pour la filière, il était nécessaire de faire évoluer les méthodes d’analyse afin de les rendre plus pratiques, plus performantes et plus sûres pour les utilisateurs. C’est ainsi qu’est né le projet IdEvol, projet d’appui méthodologique à la section pomme de terre du CTPS (Comité technique permanent de la sélection).
Porté par la FN3PT et développé par Inov3PT, l’institut technique dédié à la recherche et l’innovation sur le plant de pomme de terre, IdEvol a reçu le soutien financier du CASDAR du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation.
Un processus simplifié et plus performant
« Grâce au séquençage capillaire, nous avons pu radicalement transformer le travail au laboratoire », souligne Marion Flodrops avant d’expliquer : « Cette évolution technologique permet d’éliminer l’usage de produits chimiques toxiques et la gestion des déchets qu’ils génèrent, tout en réduisant les postures de travail pénibles responsables de troubles musculosquelettiques. Par ailleurs, alors qu’il fallait auparavant attendre d’avoir 50 échantillons pour lancer une analyse sur gel, le nouveau système permet de traiter de plus petites séries rendant ainsi les laboratoires plus réactifs ».
Le point crucial du développement était de pouvoir conserver la compatibilité avec la base de données IdeAle, qui contient les profils de près de 2200 variétés et 900 hybrides. Chaque variété est identifiée grâce à l’analyse de marqueurs microsatellites propres à chacune. « L’intérêt principal du séquenceur capillaire réside dans sa capacité à fournir une lecture à haute résolution des marqueurs microsatellites. Il nécessite moins de manipulation et limite l’usage de réactifs toxiques », complète Marion Flodrops.
Ce type d’équipement représente un investissement raisonnable, accessible à des laboratoires de taille modeste favorisant ainsi une plus large appropriation et une généralisation de cette méthode, fiable, rapide et sûre.
Un travail collectif pour une méthode reconnue
« Depuis le début des années 2020, la filière réfléchit à développer une méthode d’identification variétale qui soit plus pratique et plus performante pour les utilisateurs. Sur la base d’une technique préexistante bien rodée, nous avons apporté des évolutions techniques majeures grâce à l’utilisation d’un séquenceur capillaire pour révéler les marqueurs moléculaires propres à chaque variété de pomme de terre. Ce travail est le fruit d’une collaboration scientifique entre inov3PT, les laboratoires partenaires des organisations de producteurs (Bretagne Plants, Comité Nord, Comité Centre et Sud),INRAe et le Service Commun des laboratoires. Il est désormais utilisé en routine dans tous les laboratoires. Nous sommes à l’étape de construction du dossier pour obtenir la validation officielle de la méthode dans le cadre de la certification des plants. » Sylvie Marhadour, responsable scientifique inov3PT
